Az Állattenyésztési Igazgatóság hatósági és tenyésztésszervezési feladatokat végez. Hatósági ténykedése során teljesítményvizsgálati megbízásokat ad ki; tenyésztőszervezeteket és fajtákat ismer el; teljesítményvizsgálatokat és tenyészérték-becslést végez; igazol és hitelesít. Az igaztóság a XXI. század kihívásaihoz igazodva szinte minden ponton támaszkodik azokra az integrált informatikai rendszerekre, amelyek országos adatbázisként még hitelesebbé teszik munkáját.

Az igazgatóság minősít tenyészállatokat, szaporítóanyagot; ellenőrzi a vágott-test minősítés Uniós szabályainak betartását; teljesíti a törvényekben előírt feladatait; az állategészségügyi hatósággal együttműködve kialakítja és működteti az állatok egységes azonosítási és nyilvántartási rendszerét (ENAR), valamint ezzel összhangban működteti az Országos Vágóállat Minősítési Rendszert (OVMR). Irányítja és ellenőrzi továbbá az őshonos és védett fajták fenntartását, óvja a hungarikumok eredetét.

Az Állategészségügyi és Állatvédelmi Igazgatóság feladatai: ellátja a járványüggyel, az állatvédelemmel, az országon, illetve az EU-n belüli, valamint a harmadik országokba irányuló állat és szaporítóanyag szállításokkal kapcsolatos, továbbá az előbb említett területekhez szorosan kapcsolódó informatikai feladatokat.

Az Állatgyógyászati Termékek Igazgatósága (ÁTI) az állatgyógyászati készítményekkel és egyéb, az állategészségügyben alkalmazott termékekkel kapcsolatos engedélyező, nyilvántartó és ellenörző hatósági tevékenységet folytat a hatályos hazai és európai jogszabályok és az Európai Unió gyógyszerügyi hatóságaira vonatkozó szakmai ajánlások alapján.

Az Állategészségügyi Diagnosztikai Igazgatóság, amely 2007. január 1-től jogutódja az Országos Állategészségügyi Intézetnek, elsősorban diagnosztikai tevékenységet fejt ki az egész országra kiterjedően, a fertőző és egyéb okból kialakult betegségek okainak tisztázására. Az igazgatóság 18 betegség esetében tölti be a nemzeti referencia laboratórium feladatait.

Szervezeti tagozódás

Állattenyésztési Igazgatóság

• Tenyésztési Hatósági Osztály

• Tenyésztés Szervezési és Teljesítményvizsgálati Osztály

• Állatgenetikai Osztály

• Vágóállat Minősítés-felügyeleti Osztály

Állategészségügyi és Állatvédelmi Igazgatóság 

• Járványvédelmi Osztály

• Állatvédelmi Osztály

• Igazgatási és Informatikai Osztály

Állatgyógyászati Termékek Igazgatósága

• Igazgatóság

• Inspektorátus

• Gyógyszer-törzskönyvezési Osztály

• Oltóanyag Osztály

• Gyógyszer analitikai laboratórium

Állategészségügyi Diagnosztikai Igazgatóság

• Igazgatási és Minőségirányítási Osztály

• Kórbonctani Osztály (Debrecen)

• Mikrobiológiai Osztály (Debrecen)

• Kórbonctani Osztály (Kaposvár)

• Mikrobiológiai Osztály (Kaposvár)