Az Önálló Osztály év közben átalakításra került, 2009. augusztus 1-jével új szervezeti egység lett kialakítva Horizontális Fejlesztések Igazgatósága néven, melynek alapja a megszűnt Kölcsönös Megfeleltetés Projektmenedzsment Önálló Osztály, mely horizontális fejlesztési feladatokkal bővült.

Az Igazgatóság felelős a szakmai igazgatóságok bevonásával az MgSzH átfogó fejlesztések koordinálásáért és az intézményi pályázatok kezeléséért, illetve a kölcsönös megfeleltetési rendszer fejlesztéséért és működésének hivatalon belüli megszervezésért.

A közvetlen irányítása alá tartozó szervezetei egységek:

- Kölcsönös Megfeleltetés Osztály

- Fejlesztési Osztály

Az Igazgatóságon működő két osztály közül a KM ellenőrzések országos koordinációját és a másodfokú hatósági feladatokat a Kölcsönös Megfeleltetés Osztály végzi, a projektek és a multiprojekt menedzsmentjét pedig - egyéb feladatai mellett - a Fejlesztési Osztály látja el.