Az Állategészségügyi és Állatvédelmi Igazgatóság feladatait egyetlen mondatba összefoglalva azt mondhatjuk, hogy ellátja a járványüggyel, az állatvédelemmel, az országon, illetve az EU-n belüli, valamint a harmadik országokba irányuló állat és szaporítóanyag szállításokkal kapcsolatos, továbbá az előbb említett területekhez szorosan kapcsolódó informatikai feladatokat. Az Igazgatóság szervezetileg három osztályra, a Járványvédelmi Osztályra, az Igazgatási és Informatikai Osztályra és Állatvédelmi Osztályra tagolódik.

A fent említett feladatokat tovább részletezve – a teljesség igénye nélkül – az alábbi tevékenységeket emelhetjük ki.

• A járványos állatbetegségek elleni védekezéshez szükséges országos készenléti tervek elkészítése.

• Az egyes állatbetegségek területenkénti vagy országos előfordulásának és a fertőzöttség mértékének tisztázására felmérő rendszer működtetése, ezen belül a szükséges ellenőrző vizsgálatok elvégeztetése. 

• A bejelentési kötelezettség alá tartozó, továbbá egyes nagy gazdasági kárral járó állatbetegségek és zoonózisok megelőzésére, leküzdésére, illetve kártételük csökkentésére irányuló szakmai és irányítási feladatok ellátása.

• A járványvédelmi célelőirányzat tervezésével kapcsolatos szakmai feladatok ellátása.

• A járványos állatbetegség megelőzéséhez, illetve felszámolásához szükséges ingyenes oltó- és kórjelző anyagokról, továbbá a járványok megelőzéséhez és elfojtásához szükséges műszaki, technikai feltételek, védőfelszerelések biztosításáról, valamint folyamatos karbantartásáról és cseréjéről való gondoskodás.

• Az állati eredetű melléktermék kezelését, szállítását végző üzemek országos nyilvántartásának vezetése, valamint annak közzététele.

• Az állatgyógyászati készítményekkel kapcsolatos igazgatási feladatok felügyelete és szervezése.

• Az integrált többéves nemzeti ellenőrzési tervnek az igazgatóság szakterületére vonatkozó részének elkészítése, továbbá a terv végrehajtásának szervezése és irányítása.

• A másodfokú járványügyi, állatvédelmi, valamint élő állat, szaporítóanyag szállítással, kereskedelemmel kapcsolatos feladatok ellátása.

• Az exporttal és importtal, belső piaci kereskedelemmel és belföldi szállítással kapcsolatos állategészségügyi hatósági előírások érvényesítése, az állatok és állati eredetű termékek exportjával kapcsolatos egyes nemzetközi feladatok ellátása.

• A nemzetközi szervezeti tagsággal járó járványügyi, állatvédelmi és kereskedelmi feladatok ellátása. (OIE, FAO Ragadós Száj- és Körömfájás Elleni Védekezési Európai Bizottsága)

• A járványügyi és állatvédelemi szakterületet érintő, EU szakbizottságokban és munkacsoportokban szakmai képviselet.

• Jogszabályban előírt feladatmegosztás szerint a tenyésztési hatósággal együttműködve az állatok egységes azonosítási és nyilvántartási rendszerének (ENAR) kialakítása és működtetése.

• Az Országos Állategészségügyi Informatikai Rendszer (OÁIR) kialakítása és működtetése. Az egyes informatikai alrendszerek használatának szervezése és irányítása. Ezen kívül az élelmiszerlánc-biztonsági elnökhelyetteshez tartozó szakterületek vonatkozásában valamennyi hazai informatikai rendszer fejlesztése.

• A megjelenő EU jogszabályok harmonizációjához szükséges feladatok ellátása.